La Dirección de Ecosistemas Acuáticos tiene como objetivo realizar investigaciones y promover acciones para el manejo sustentable de los recursos acuáticos provinciales. Las principales líneas de trabajo están dirigidas al estudio de ecosistemas, manejo de pesquerías y fomento de la piscicultura.

Las actividades se desarrollan desde los laboratorios de ictiopatología, calidad de agua, nutrición de peces, producción y biotecnología y ecología acuática, donde los profesionales y técnicos llevan adelante programas propios o proyectos en vinculación con otros organismos como CONICET, CENPAT, CRUB, AIC, y SENASA, entre otros.